Miasto Białystok do 2004 roku korzystało z tzw. pomocy przedakcesyjnej, czyli środków finansowych przeznaczonych dla krajów starających się o członkostwo w Unii Europejskiej. Po wstąpieniu Polski do Unii Europejskiej w maju 2004 r. mogliśmy wciąż wykorzystywać przyznaną nam pomoc przedakcesyjną, a dodatkowo, jako pełnoprawny członek Unii, otrzymaliśmy nowe możliwości wsparcia. W okresie programowania 2004 – 2006 Miasto realizowało projekty w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego, Sektorowego Programu Operacyjnego Rozwój Zasobów Ludzkich, Sektorowego Programu Operacyjnego Transport oraz Phare.

Lata 2007-2013 to kolejny okres programowania, w ramach którego zostało przyznane wsparcie na rozwój poszczególnych regionów oraz rozwój zasobów ludzkich. Aktualnie Miasto Białystok pozyskuje środki w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Podlaskiego, Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki, Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko oraz Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej. Ponadto ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu URBACT II wspierającego rozwój miast, Białystok realizuje projekt REDIS - Restructuring Districts into Science Quarters, który dotyczy wymiany doświadczeń w zakresie tworzenia w miastach dzielnic wiedzy.